免疫沈降（IP）に用いるビーズの選択法
ChromoTek（クロモテックは2020年10月よりプロテインテックグループの一部になりました）の「Nano-Trap（ナノトラップ）」シリーズは、タンパク質およびタンパク質と相互作用する物質の免疫沈降（IP）に最適化された製品です。Nano-Trapは、免疫沈降用ビーズと結合したVHH抗体からなります。プロテインテックが提供するNano-Trapシリーズ、GFP-Trap®、Halo-Trap®、RFP-Trap®、Spot-Trap®、V5-Trap®の5種類は、異なるタイプの免疫沈降用ビーズ結合体を利用できます。
- アガロースビーズ（Agarose beads）
- 磁性アガロースビーズ（Magnetic Agarose beads）
- 磁性粒子／磁気ビーズ（Magnetic Particles M-270）
それぞれのビーズの特性に基づき、以下のように推奨します（各ビーズの特性：表参照）。
- アガロースビーズ（Agarose beads）：低いバックグラウンドおよび高い結合能を必要とするIPに最適
- 磁性アガロースビーズ（Magnetic Agarose beads）：磁気分離および高い結合能を必要とするIPに最適
- 磁気ビーズ（Magnetic Particles M-270）：磁気分離および大きなタンパク質や複合体を対象とするIPに最適
GFP-Trap®を使用した免疫沈降
I：コントロール（Input）画分、FT：フロースルー画分、B：免疫沈降サンプル（結合画分）
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アガロース |
磁性アガロース |
磁気ビーズ |
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バックグラウンドの低さ＊ |
+++ |
++ |
++ |
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結合能 |
+++ |
+++ |
+ |
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標的タンパク質のサイズ＊ |
小～大 |
小～大 |
小～特大 |
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ビーズ分離法 |
遠心分離 |
磁気分離 |
磁気分離 |
*一般的なガイドラインとしてご参考ください。特定のタンパク質や複合体に関して、最適な実験条件はそれぞれ調べる必要があります。
各Nano-Trapの特異性が高いため、Nano-Trapシリーズで使用されるすべての免疫沈降用ビーズのバックグラウンドは非常に低くなります。各ビーズを比較すると、アガロースビーズのバックグラウンドが最も低くなります。磁性アガロースビーズと磁気ビーズ（Magnetic Particles M-270）のバックグラウンドはそれよりも若干高くなります。したがって、非常に低いバックグラウンドが求められる実験の場合は、アガロースビーズの使用をおすすめします。
一般的に、免疫沈降自動化装置を使用する、またはマグネットを用いた磁気分離による免疫沈降を実施したい場合は、磁性アガロースビーズや磁気ビーズを使用します。ただし、ビーズあたりの結合容量が高い方が好ましい場合は、磁性アガロースビーズの使用をおすすめします。
分子量の大きなタンパク質や複合体を形成した大型分子は、アガロースビーズや磁気ビーズの細孔内部に存在するVHH抗体（Nanobody®）へアクセスできないことから、目的タンパク質（POI）の分子量や形状によっては、非多孔質ビーズである磁気ビーズ（Magnetic Particles M-270）を使用した方が良い場合があります。分子量が小さなタンパク質であっても、多量体を形成している場合や大型の複合体の一部である場合は、想定よりもサイズが大きくなるため、注意が必要です。
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ビーズの種類 |
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アガロース |
磁性アガロース |
磁気ビーズ |
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担体 |
アガロース |
磁性アガロース |
磁気ビーズ |
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形状 |
多孔質 |
多孔質（コアに鉄を含有） |
非多孔質固体 |
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リガンド |
VHH抗体（Nanobody®） |
VHH抗体（Nanobody®） |
VHH抗体（Nanobody®） |
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タンパク質のサイズ* |
小～大 |
小～大 |
小～特大（サイズ制限なし） |
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ビーズの色 |
白 |
黒 |
茶 |
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中心粒径 |
～90µm |
～40µm |
2.8µm |
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結合能 |
非常に高い |
非常に高い |
中程度 |
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バックグラウンド |
非常に低い |
低い |
低い |
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磁気式分離／自動化装置 |
不可 |
可 |
可 |
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遠心力（最大許容値） |
2,500 x g |
800 x g |
8,000 x g |
* タンパク質の分子量や形状、多量体形成、複合体形成、相互作用物質の有無等により異なります。
GFP-Trap® Agarose
GFP-Trap® Magnetic Agarose
GFP-Trap® Magnetic Particles M-270
Halo-Trap Agarose
Halo-Trap Magnetic Agarose
Halo-Trap Magnetic Particles M-270
RFP-Trap® Agarose
RFP-Trap® Magnetic Agarose
RFP-Trap® Magnetic Particles M-270
Spot-Trap® Agarose
Spot-Trap® Magnetic Agarose
Spot-Trap® Magnetic Particles M-270
V5-Trap® Agarose
V5-Trap® Magnetic Agarose
V5-Trap® Magnetic Particles M-270
